Уже 22 июня 1941 г. в Литве, Латвии и Эстонии по отступавшим частям Красной армии открыли огонь местные националисты.
Эстония
С началом Великой Отечественной войны «Лесные братья» стали нападать на под разделения Красной Армии, на местные органы советской власти, расстреливать захваченных командиров и бойцов Красной Армии, партийно-советский актив, бойцов истребительных батальонов.
Следует отметить, что значительная часть военнослужащих эстонских территориальных войск, которые с 1940 г. входили в состав Красной Армии, перешла на сторону врага. Уже в августе 1941 г. из 7000 человек дезертировала почти половина, а в первой половине октября под Старой Руссой еще 2000 эстонцев перешли к немцам. Вскоре из них были сформированы карательные отряды, принимавшие участие в борьбе с партизанами в Псковской области.
После оккупации германской армией Эстонии на базе эстонских «Лесных братьев» была создана вооруженная организация «Омакайтсе» («Самозащита»). В 1941-42 гг. «Омакайтсе» было проведено более 7000 облав для задержания партизан, парашютистов, бежавших из лагерей советских военнопленных и других «враждебных» лиц. Важнейшей задачей «Омакайтсе» была караульная служба. В среднем ежедневно в караулах находилось около 3000-4000 человек. На «Омакайтсе» была возложена: береговая охрана, охрана военнопленных, охрана железных и шоссейных дорог, пограничная охрана, воздухо-наблюдательные посты, охрана складов, заводов, предприятий, домов и других объектов, внутренняя служба. Кроме облав и караульной службы «Омакайтсе» оказывали помощь немец ким войскам и полиции, а также несли конвойную службу по этапированию военнопленных.
Латвия
Оставшиеся в Латвии латышские националисты с началом войны развернули активные действия против частей Красной Армии и органов советской власти. «В г. Риге... враги установили на колокольнях церквей, башнях, на чердаках и в окнах домов пулеметы, автоматы и вели обстрел улиц, зданий штаба Северо-3ападного Фронта, ЦК ЛКП(б), СНК, телеграфа, вокзала и НКВД», - докладывал командир 5-го мотострелкового полка войск НКВД. - Такое положение заставило развернуть самую жестокую борьбу с контрреволюционным элементом в городе». Нападения на отступающие советские войска были зафиксированы также в Валмиере, Смилтене, Алуксне, Гулбене, Лимбажи, Мадоне, во многих волостях и поселках. По данным латвийских историков, летом 1941 г. в Латвии действовало 129 вооруженных групп националистов: 83 - в Видземе, 24 - в Земгале и 21 - в Курземе.
Литва
Ольга Полежаева, жительница Вильнюса:
«Помню, когда наши войска отступали, в Литве по ним стреляли из подвалов. Мы сидели на вокзале, к нам, беженцам, подходили литовцы и говорили: "Что вы тут сидите? Там соль и конфеты дают!" Те, кто выходил из вокзала, больше не возвращались, по-видимому, их убивали».
23 июня советские войска покинули Каунас. Еще до прихода немцев литовские националисты начали издеваться над жителями города — евреями и убивать их. Они обвинили евреев в организации депортации литовских семей в Сибирь.
Захарий Грузин, житель Каунаса, еврей, бывший узник Каунасского гетто:
«Перед спуском в город нас остановили вооруженные люди в гражданской одежде с белыми нарукавными повязками. Некоторые из них были в форме литовской армии...
Нас завели во двор. По глупости я подошел к колодцу, набрал из ведра кувшин воды, за что я получил прикладом. "Угостил" меня парень лет восемнадцати в форменной фуражке литовской гимназии, приговаривая: "Твое место у стены, а не у колодца, рупуже (жаба)". Разбил кувшин в моих руках и ушел довольный».
23 июня 1941 г. Фронтом литовских активистов (ФЛА) было создано Временное правительство во главе с бывшим литовским послом в Германии Шкирпой, однако немцы — это правительство 5 августа 1941 г. распустили, а Шкирпу из Германии не выпустили. 15 сентября ФЛА обратился к Гитлеру и главнокомандующему германскими войсками Браухичу с меморандумом, в котором указывал на свои заслуги в борьбе с советской властью: «После начала войны ФЛА совместно с остатками частей литовской армии начали восстание и совершили целый ряд заданий, согласованных с немецким военным командованием. В восстании участвовало около 100000 партизан. Число молодежи Литвы, погибшей в борьбе с большевиками, пре восходит 4000 человек». Не добившись от немцев признания независимости Литвы, Фронт литовских активистов распался.
Источник: НКВД-МВД СССР в борьбе с бандитизмом и вооруженным националистическим подпольем на Западной Украине, в Западной Белоруссии и Прибалтике (1939-1956 ) / Сборник документов. Составители: Владимирцев Н.И., Кокурин А.И. - М.: Объединенная редакция МВД России, 2008.