Когда СССР в 1944 г. освободил Литву, Жемайтис некоторое время прятался, но вскоре стал активно участвовать в движении сопротивления Красной армии. Псевдоним — Витаутас, в честь литовского князя, постоянно воевавшего с Московией. В 1945 году он стал начальником штаба дружины «Ласка» (Žebenkštis). В мае 1947 года его избрали командующим округа Кястутис. Через год он создал партизанский округ Юра (море) и в скором времени начал работать над организацией общего руководства «лесными братьями». В ноябре 1948 года Жемайтис объявил о создании общего руководства группами, а в феврале 1949 года созвал Конгресс всех командующих партизанскими группами в Литве, на котором было создано Движение борцов за свободу Литвы (ДБСЛ).
16 февраля 1949 года Йонасу Жемайтису-Витаутасу было присвоено звание генерала. Он единогласно был избран председателем Совета президиума ДБСЛ, а с 10 мая 1950 года и командующим вооруженных сил. Жемайтис многого достиг при объединении «лесных братьев» Литвы: в конце 1951 года было создано 6 партизанских округов, в которые вошли 10 дружин и 120 отрядов.
Зимой 1951–1952 годов Жемайтис поселился в бункере командира отряда «Миндаугас» Йозеса Палубяцкас-Симаса. Недалеко от деревни Павидауя, в лесу Шимкайчай Юрбаркского района. Бункер был сравнительно небольшой, но очень хорошо защищенный. Но 4 декабря 1951 года у него случился инсульт и он был парализован. Поначалу ему не смогли оказать медицинскую помощь. В апреле 1952 года Палубяцкас привел в бункер медсестру Марите Жилюте-Эглуте (позывной — Ёлочка). После лечения Жемайтис начал поправляться и уже выходил из бункера подышать свежим воздухом. Выздоровев, он опять взял на себя командование отрядами «лесных братьев».
Но советским военным удалось выйти на след Жемайтиса. В феврале-марте 1953 года они, прочесывая Расейняйский и Юрбаркский районы, арестовали нескольких связных, от которых узнали, что Жемайтис прячется в бункере Палубяцкас-Симаса.
13 апреля 1953 года попал в устроенную советскими солдатами засаду и был арестован начальник хозяйственного отдела отряда «Вайдотас» Пранас Нарбутас-Роландас. Красноармейцы, за то, что он укажет место пребывания Жемайтиса, пообещали ему отпустить из тюрьмы его невесту — Адольфину Демшайте, которая была осуждена на 10 лет. Так Нарбутас стал советским агентом, а в мае он встретился с Палубяцкасом-Симасом. Уже во время второй встречи, в лесу Шикайчай, Палубяцкас-Симас был арестован.
У партизан было неписанное правило, если «лесной брат» не вернулся вовремя, значит он арестован или погиб, поэтому бункер, о котором он знал, должен быть покинут. Жемайтис долго его ждал, но, наконец, принял решение — вместе с его сестрой Палубяцкайте-Людас и медсестрой М.Жилюте ночью перебазироваться в другой бункер.
Но решение запоздало. 30 мая, в одиннадцать часов вечера, в бункер Жемайтиса была брошена граната с усыпляющим газом. Далее спящие были извлечены из бункера и доставлены в НКВД г. Расейняй. Операция по поимке Жемайтиса была тщательно подготовлена и согласована с самим Берией. По его приказу генерал «лесных братьев» должен был быть взят живым.
В июне 1953 года Жемайтис спецрейсом был доставлен в Москву, где встретился с Берией. Волею судьбы он стал последним, с кем общался Лаврентий Берия накануне своего ареста.
На этой тайной встрече присутствовали два обреченных человека: генерал без армии — Жямайтис и первое лицо государства — Берия, который уже не имел никакой власти, хотя еще не знал этого.
О чем они говорили? Какие последствия ждали Литву и Россию? На эти вопросы мы никогда не получим ответов, потому что на следующий день, 26 июня 1953-го года, был арестован Берия.
Источник: p-w-w.org