По мере продвижения Красной Армии к границам Литовской ССР активность начинает проявлять Литовская освободительная армия (далее: ЛЛА — Lietuvas Laisves Armia), бойцы которой составили ядро «лесного братства». В ее приказе № 4 от 10 декабря 1944 г. перед ее командирами ставились следующие задачи: «Объединить все вооруженные силы, действующие в стране, — и уже объединенными силами вести активную подпольную работу против большевистского террора.
При падении оккупационного режима и разгрома Красной Армии перейти в открытую борьбу, мобилизуя для этой цели весь народ».
В связи с этим предусматривалось объединение всех дезорганизованных отрядов, принятие ими присяги, установление связи между ними, создание новых отрядов в тех местах, где их еще не было; организация скрытой активной борьбы против НКВД, агентов и местных сотрудников администрации.
Для выполнения поставленных задач главный штаб дал указание запугивать местную администрацию, милицию и отдельных активистов и держать их в напряжении, чтобы под угрозой смерти они не могли добросовестно выполнять свои обязанности. Убирать следовало только самых убежденных «сторонников Москвы». Главной целью сопротивления руководство ЛЛА определило «борьбу за имущество и жизнь своего народа».
Следуя этим указаниям, формирования Литовской освободительной армии с декабря 1944 г. активизировали боевые действия.
Весной 1945 г. общая численность «лесных братьев» достигла 30 тыс. человек. В целом, в послевоенные годы «партизанило» или скрывалось в лесах около 70–80 тыс. человек.
Однако несмотря на все попытки, «лесным братьям» так и не удалось добиться полной централизации движения (первое крупное совещание командиров «лесных братьев» округов состоялось лишь летом 1946 г., а последнее — в 1949 г.). Движение продолжало носить в основном разрозненный характер, отличалось большой автономией различных отрядов, их независимостью от руководящего центра. Сопротивление выражалось в форме террористических актов по отношению к партийным и советским работникам на местах, пропагандистам и агитаторам, ответственным за проведение коллективизации, рядовым литовцам, заподозренным в сотрудничестве с новыми властями. Не случайно с 1944 г. до окончательного подавления повстанчества (в 1956) в Литве из 25 108 человек убитыми и 2965 человек ранеными более 23 тыс. человек были литовцами.
