Большая часть гагаузов переселилась на юг Бессарабии из Добруджи (северо-восток Болгарии) в конце XVIII и первых десятилетиях XIX веков, спасаясь от турецкого гнета. Основные волны переселений приходились на время русско-турецких войн, облегчавших возможность пересечения границ Османской империи. В свою очередь русское военное командование обещало переселенцам различные льготы.
Во время очередной русско-турецкой войны 1806–1812 годов главнокомандующий русской армии Михаил Илларионович Кутузов написал специальное обращение к «переселяющимся с правой на левую сторону Дуная обывателям христианского вероисповедания» от 26 апреля 1811 года, в котором обещались «все возможные выгоды» «переходящим на левый берег Дуная». Переселенцам гарантировались трехлетнее освобождение от «земских податей и повинностей», создание переселенческого общества, независимого от властей дунайских княжеств и земских чиновников. Такое обращение не могло не привлечь переселенцев. Было сформировано Болгарское земское войско, помогавшее русской армии. В его состав вошли и гагаузы, в то время воспринимавшиеся как часть болгарского народа.
Они даже обратились к императору Александру I с просьбой о создании отдельного отряда в составе русских войск. Среди подписей — имена Христо Косеоглу, Петку Даведзоглу и Петри Узун, которые названы «бёлюк башы», то есть командирами отрядов в 25 ратников. Архивные документы сохранили имена других участников боев с турками: пятидесятник Василе Койчо, десятники Диму Тулумоглу, Стан Петрович и Николай Дели Иваноглу (командиры соответствующего количества воинов), ратник Танас Лека Тулумоглу. За проявленную храбрость при взятии Силистры в октябре 1811 года болгарские и гагаузские ополченцы получили благодарность Кутузова. В целом же гагаузский историк Федор Ангели отмечает, что деятельность знаменитого полководца «оставила яркий след в истории переселения гагаузов и болгар в Буджак».
Однако очень скоро переселенцы столкнулись с трудностями на новых местах жительства. Они занимали свободные земли, право владения которыми вскоре получали бессарабские бояре и помещики (Балш, Панаиот, Петраки Казимиры), которые стремились закрепостить переселенцев и не давали им воспользоваться трехлетней льготой. Посланные в 1816 году в качестве специальной комиссии по делам переселенцев будущий декабрист Алексей Юшневский и бывший командующий Болгарским земским войском штабс-ротмистр Дмитрий Ватикиоти составили по итогам своей работы записку, в которой фиксировали жалобы переселенцев. С них требовали десятую часть урожая зерна, овощей, винограда, камыша, был введен тяжелый налог на скот и пчел. Произвол чиновников выражался в поборах, взыскивавшихся «по неизвестным постановлениям». Из-за этого некоторые переселенцы даже возвращались на территорию Османской империи.
Для решения проблем император Александр I учредил своим указом Попечительный комитет об иностранных поселенцах южного края России, председателем которого стал генерал Иван Никитич Инзов. Это имя хорошо известно любителям русской литературы — именно под начальством Инзова состоял Александр Пушкин, находясь в южной ссылке. Строгий, но справедливый и безукоризненно честный генерал серьезно отнесся к своим обязанностям. В мае 1818 года в Кишинев приехал император Александр I, которому Инзов вручил письменный доклад о положении переселенцев. Кроме того, царь лично принял депутацию болгар и гагаузов, тоже вручивших ему прошение о своих нуждах. Результатом близкого знакомства с ситуацией в Бессарабии стал императорский указ от 29 декабря 1819 года «О поселении в Бессарабии болгар и других задунайских переселенцев», имевший большое значение для местного населения.
Задунайские переселенцы получали равные права и привилегии с другими иностранными колонистами, например, немцами. Они теперь могли переходить с помещичьих земель на казенные, каждая семья получала надел государственной земли в 60 десятин в потомственное пользование. Приехавшие в Буджак до начала войны 1806–1812 годов освобождались от податей и повинностей на 3 года, а прибывшие в период войны — на 7 лет. За пользование наделом семья должна была платить в год около 15 рублей 60 копеек серебром и по 3 копейки серебром за каждую десятину, взятую сверх надела. Другие налоги и повинности на задунайских переселенцев не распространялись. Они могли заниматься торговлей, вступать в купеческое сословие, покупать участки земли у частных лиц, выезжать за границу. До введения акцизной системы в 1863 году болгары и гагаузы имели право свободной торговли виноградным вином и водкой в округах своего расселения.
По сути, статус колониста означал положение привилегированного крестьянина. Однако была возможность перейти из этого статуса для продвижения по службе в армии, в государственном аппарате. При этом переселенцы до проведения военной реформы в Российской империи в 1874 году освобождались от обязательной воинской повинности.
Гагаузы могли служить добровольцами в существовавшем до 1868 года Дунайском казачьем войске. Так, в списках его волонтеров 1824 года встречаем имена Пани Гагауза, Тодора Узуноглу, Стояна Узуна, Мити Харадоглу, Ивана Балабана и других. Дунайское войско принимало участие в боевых действиях в ходе Крымской войны.
Основная же часть гагаузского населения во время этой войны выполняла задачи по снабжению армии продовольствием, фуражом, несла повинность по перевозке на подводах различных грузов для военных. В архивах сохранились поименные списки крестьян-гагаузов, ставших такими «погонцами», перевозившими грузы в Крым. Некоторые из них погибли. Местные жители также строили и ремонтировали переправы, мосты, дороги, укрепления. В указе русского правительства, адресованном бессарабским колонистам, дается следующая оценка отношению местных жителей к русской армии: «На протяжении двух лет наши воины находили в ваших домах радостное гостеприимство и горячее сочувствие. (...) В памяти России останутся неизгладимыми ваше усердие, ревностность, ваша любовь к общему делу». Однако по итогам Парижского мира 1856 года Россия лишалась Подунавья («Бессарабский участок»), отходившего к Молдавскому княжеству. При этом новая граница не учитывала интересы местного населения — многие селения оставались без полевых угодий.
По Берлинскому трактату 1878 года «Бессарабский участок» вернулся в состав Российской империи.
В конце XIX столетия экономическим и культурным центром гагаузов становится большое село Комрат с 10 тысячами жителей. В 1886 году в нем открывается реальное училище, в 1910 — женская гимназия. В Комрате развивались торговля, сельскохозяйственные предприятия, была проведена телефонная связь. В этот период начинается и научное изучение гагаузского народа. Основоположником этого направления в России стал Валентин Александрович Мошков (1852–1922 гг.). Он был офицером и во время службы в Варшавском военном округе встретил солдат-гагаузов. Заинтересовавшись этим народом, совершил 3 поездки в Бессарабию, собрал богатый этнографический материал, в 1895 году опубликовал в Казани первые гагаузские тексты. Впервые фиксируются гагаузы как отдельный народ и во Всероссийской переписи населения 1897 года, в которой они были названы «турками-гагаузами». В Бессарабской губернии их насчитывалось 55 790 душ.
Территориально далекие от Гагаузии события русско-японской войны отразились в истории гагаузского народа и даже фольклоре. Так, в этот период были созданы народные баллады «В Порт-Артуре пушки стреляют» и «В мукденской церкви высокие колонны».
Одним из матросов, спасшихся с броненосца «Петропавловск», был гагауз Федор Табакарь. За храбрость под Мукденом награжден Георгиевским крестом уроженец Чадыр-Лунги Андрей Гаста. Житель Комрата Симу Бургуджу сражался в Порт-Артуре. В Манчжурии получил тяжелое ранение житель Чадыр-Лунги Семен Генов.
Не обошли гагаузов стороной и внутренние социально-политические потрясения начала ХХ века. Одним из матросов мятежного броненосца «Потемкин» был уроженец Комрата Дмитрий Топчев. Однако самым ярким революционным событием в Гагаузии стало Комратское восстание 1906 года. В декабре 1905-го в Комрат приехал бывший студент Харьковского технологического института Андрей Галацан, активно занявшийся революционной агитацией, которую особенно активно восприняли учащиеся старших классов местного реального училища. Арест агитатора в ночь на 8 января 1906 года вызвал настоящее восстание: протестующие освободили арестованного, захватили здание местной власти, почту и другие учреждения, избили полицейского пристава и заставили его отправить в Кишинев телеграмму об освобождении Галацана. Восставшие выдвинули лозунги с требованиями о прекращении мобилизации жителей в царскую армию, о конфискации и раздаче помещичьих земель крестьянам, об отмене долговых расписок и всех налогов.
Особо следует упомянуть требование ввести обязательное бесплатное всеобщее образование на родном языке. 5 дней просуществовала Комратская Республика как самоуправление восставших крестьян, однако силы были слишком неравны: на усмирение бунта выслали 2 эскадрона драгун. 40 участников восстания были приговорены судом к тюремному заключению. Современные историки считают Комратское восстание свидетельством этнополитической зрелости гагаузов.
Как и другие народы Российской империи, гагаузы принимали активное участие и в событиях Первой мировой войны. К весне 1917 года на фронтах находилось более 15 тысяч воинов-гагаузов, многие из них были награждены медалями и орденами. Полным георгиевским кавалером стал уроженец Комрата Савелий Георгиевич Болгар, сражавшийся под Варшавой. Погибли в боях более 3 тысяч солдат и офицеров гагаузской национальности. В 1916 году Бессарабия стала прифронтовой зоной, сельское хозяйство и экономика края оказались в тяжелом положении. После Февральской революции в мае 1917 года в Чадыр-Лунге был создан первый Совет в гагаузских краях, начался захват крестьянами помещичьих земель и имущества. Так, жители села Ялпужены захватили помещичью паровую мельницу, в селе Чадыр разгромили имение. Звучали тогда и идеи создания Гагаузской республики. В декабре 1917-го местный революционер Павел Николаев обсуждал в Кишиневе тему гагаузской автономии с председателем Бессарабского губисполкома Совета рабочих и солдатских депутатов Яковом Мелешиным. Однако ее реализация скоро стала невозможной: в январе 1918 года Бессарабию оккупировали румынские войска. Начался новый этап в истории гагаузского народа.
