В июле 1941 года примерно 3000 евреев удалось совершить успешную эвакуацию в другие районы СССР в связи с ожесточенным сопротивлением отступающих войск Красной Армии. На момент фактического начала нацистской оккупации в Эстонии проживал 921 еврей (согласно отчетам айнзацгруппы «А», количество евреев составило 963 человека).

10 июля 1941 года в оккупированную Эстонию прибыли первые отряды айнзатцгруппы «А».

11 сентября 1941 года оккупационной администрацией были изданы первые правила, ограничивавшие еврейское население в правах: всем было предписано носить нашивки в виде желтых звезд, запрещалось передвигаться по тротуару, регламентировалось время посещения мест торговли. Имущество, принадлежавшее евреям, подлежало конфискации.

Активное участие в массовых расправах над еврейским населением, помимо немецких полицейских структур, приняли группировки военизированной эстонской полиции «Омакайтсе». Более того, именно на сотрудников «Омакайтсе» Вальтером Шталекером и командиром айнзацкоманды 1А Мартином Зандбергером была возложена задача по уничтожению мирного, в основном еврейского населения. Главой эстонской полиции, осуществлявшей карательные функции, был назначен полковник Йоханнес Соодла.

В сентябре-октябре 1941 года эстонские полицейские под надзором немецкого командование производили регулярные аресты и расстрелы евреев-мужчин. Расправы проходили преимущественно в Центральной (Батарейной) тюрьме, а над женщинами — в концлагере Харку. До сих пор трудно установить точное место, где было расстреляно большинство арестованных евреев.

Чаще всего имена приговоренных к расстрелу евреев включались в особые списки, что придавало процессу вид «законности»; дежурный из Центральной тюрьмы переводил обреченных в камеру смертников. На следующее утро к осужденным приходили сотрудники особой расстрельной команды из политической полиции (руководителем которой был Йоханнес Соодла). Арестованных раздевали, связывали руки за спиной и привязывали друг к другу по десять-пятнадцать человек. Затем их погружали на грузовики и конвоировали за город, где расстреливали.

К 15 октября 1941 года, согласно отчету айнзацкоманды А, все евреи мужского пола старше 16 лет были уничтожены «эстонскими силами самообороны под руководством зондеркоманды 1А». В живых было решено оставить только врачей юденрата.

С января 1942 года (после Ванзейской конференции) территорию генерального комиссариата «Эстония» решено было приспособить под уничтожение части евреев, которых предполагалось транспортировать из других европейских стран, оккупированных Третьим рейхом. Ключевым местом заключения и расстрелов иностранных евреев стал специально созданный для этих целей концентрационный лагерь в Клоога. Эти акции курировал особый отдел эстонской полиции под руководством коллаборациониста Юлиуса Эннока.