Но мало кто вспоминает, что к этим договорам, как и к пакту Молотова — Риббентропа, имелись секретные соглашения. В архивных фондах они не найдены. И вряд ли будут найдены: историк Владимир Симиндей полагает, что никаких бумаг никто не подписывал, дополнительные договоренности носили «
джентльменский» характер. В любом случае, прямое указание на эту «секретную клаузулу» обнаружилось в Федеральном архиве Германии.
8 июня 1939 года высокопоставленный сотрудник Службы немецких новостей для зарубежья Георг Дертингер, который тесно взаимодействовал с разведкой Риббентропа DIS III, написал в своем информационном отчете: «Эстония и Латвия, помимо опубликованного договора о ненападении, договорились с нами и еще об одной секретной клаузуле. Последняя обязывает оба государства принять, с согласия Германии и при консультациях с германской стороной, все необходимые меры военной безопасности по отношению к советской России. Оба государства признают, что опасность нападения для них существует только со стороны советской России и что здравомыслящая реализация их политики нейтралитета требует развертывания всех оборонительных сил против этой опасности. Германия будет оказывать им помощь в той мере, насколько они сами не в состоянии
это сделать».
Теперь еще одно указание на секретные договоренности между Германией и прибалтийскими республиками обнаружилось в Российском государственном военном архиве. 23 августа 1939 года, в день подписания пакта Молотова — Риббентропа, на имя наркома обороны Ворошилова поступила бумага за подписью наркома внутренних дел Берии.
«По полученным нами агентурным данным из Гельзингфорса, между Германией и Эстонией недавно заключено секретное соглашение, по которому Германия гарантирует самостоятельность Эстонии, а Эстония во время войны предоставляет в распоряжение Германии острова Даго и Эзель. По тем же данным, аналогичный договор заключен между Германией и Латвией, причем Латвия обязуется предоставить в распоряжение Германии во время войны Рижский порт», — утверждает Берия.